En juin 2013 et septembre 2014, la France a été condamnée par la cour de justice européenne pour une application insuffisante de la Directive Nitrate.
Alors que la France a déjà apporté des modifications à la délimitation des zones vulnérables et à son programme d'action, les ministres en charge de l'écologie et de l'agriculture ont confié au CGAAER et au CGEDD le soin d'étudier la situation dans six grands pays agricoles de l'Union européenne (Allemagne, Belgique, Danemark, Espagne, Irlande et Pays-Bas).
Le rapport de cette mission interministérielle est résumé dans la Lettre du CGAAER N°104 (déc. 2015) et est téléchargeable sur le site du MAAF.