Pendant la période d'épidémie de COVID-19, les modalités d'épandage des boues issues du traitement des eaux usées urbaines après le début de l'exposition à risque sont précisées dans l'arrêté du 30 avril 2020. En particulier, les boues doivent avoir subi un traitement d'hygiénisation et faire l'objet d'une surveillance de plusieurs paramètres (ex. température, pH, microbiologie... selon les cas).
Par ailleurs, suite à l'avis de l'ANSES du 27 mars 2020 quant aux risques éventuels liés à l’épandage de boues d’épuration urbaines durant l’épidémie de COVID-19, recommandant de ne pas épandre ces boues sans hygiénisation préalable, les ministères de l'environnement (MTES) et de l'agriculture (MAA) ont émis une circulaire le 2 avril 2020 à l'intention des préfets.